中国牡丹栽培史同时也是一部新品种选育的历史，其间经历了以下几个发展阶段：
(一)野生种引种驯化选育阶段
牡丹栽培最早始于对野生种的引种驯化。随着引种驯化过程中生态环境和栽培条件的改变，野生植株产生变异，然后从中进行选择，原始栽培品种出现。这是选择育种的开端。这一阶段约始于1600年前的晋代，只不过到隋朝，才有了品种的正式记载。隋朝时，隋场帝在洛阳修建西苑，河北易州送来20箱牡丹，有12个品种，主要是红、黄二色。这是一个非常重要的转折。唐代，牡丹栽培技术有了较大提高，已出现了半重瓣、重瓣品种，花色也大为丰富起来，还产生了早晚花色富于变化的品种(参见第八章第四节古代园艺品种)。野生牡丹经栽培而产生变异，此现象在宋代欧阳修、周师厚所撰《洛阳牡丹记》中有较多记载。
(二)利用芽条变异与实生变异选育阶段
这一阶段始于北宋。在洛阳等地，人们开始利用芽变、枝变和株选的方法选育优良品种，并运用嫁接技术固定新奇变异。“牡丹不接则不佳”，“变而接，接而分”，新品种不断增多。
在北宋，人们在利用芽条变异选择新品种的同时，也注意到从天然授粉种子育出的实生苗中选育新品种的方法。宋·周师厚《洛阳牡丹记》中，记述了从‘魏花’实生苗中选出了‘胜魏’、‘都胜’两个品种的情况。继洛阳之后，四川天彭对实生选育方法有着更为广泛的应用。据陆游《天彭牡丹谱》记载：“‘鹿胎红’者，‘鹤翎红’子花”；“‘泼墨紫’，‘新紫花’之子花也”；“‘绍兴春’者，‘样云’子花者，色淡红，而花尤富，大者径尺，绍兴中始传。大抵花户多种花子，以观其变，不独‘祥云’耳”。实生选育方法到明、清时期应用尤多，规模亦大，是主要的品种选育方法。明·袁宏道《张园看牡丹记》对此有较详细的叙述。这篇短文不仅记述了北京张园40年间大量播种牡丹种子，利用有性生殖过程中产生的变异选育新品种，并注意到实生苗优良性状逐年发展、巩固的重要经验。
实生选育与利用芽条变异选育新品种方法的结合，使得选择育种方法得到新的发展，并在北宋形成一个品种选育的高潮，以至欧阳修曾发出“四十年间花百变”的惊叹!
(三)人工杂交选育阶段
1949年中华人民共和国成立以前，中国牡丹品种选育基本上依靠品种自身的突变及品种间的天然杂交，然后对具有优良变异的植株加以选择、固定的方法进行，延续几百年而没有太大的变化，以至在远缘杂交育种上远远落后于欧美一些国家。早在1900年前后，法国人利用从我国引进的野生黄牡丹与中国中原牡丹品种杂交获得成功，育出一批黄色系品种并流传至今。新中国成立后，在20世纪50年代末，大规模人工杂交育种首先在山东菏泽开展，人们开始根据育种目标有目的地选择父母本进行定向杂交。自此，牡丹育种工作进入一个新的发展阶段，中原牡丹新品种的数量、质量都有明显增加和提高，西北牡丹育种从20世纪60年代开始，异军突起，选育出数以百计的极富特色的品种，大大丰富了中国牡丹的品种资源。 [引自《中国牡丹全书》第二编，总编著：篮保卿 李嘉珏 段全绪，主撰稿：喻衡 陈树国 洪涛 李嘉珏 王莲英]
