明代，牡丹在全国范围内有一个较大发展，栽培中心转移到毫州、曹州，国都北京、江南的太湖周围、西北的兰州、临夏等地也繁盛起来。明末清初，牡丹发展受到影响，到清康熙年间又逐渐恢复。从康熙到咸丰的200年问，是又一个昌盛时期。牡丹在中国历经1600余年的发展，逐步形成了以黄河中下游为主要栽培中心，其他地区为次要栽培中心的格局(表2—1)。随着政治、经济形势的变化，特别是朝代的更替，牡丹栽培中心不断有所转移，但主要栽培中心基本上处于黄河中下游。如长安-洛阳-陈州-毫州-曹州，中间南宋时天彭也曾成为栽培盛地，但规仍不及上述各地。这是中国牡丹栽培品种群形成和发展的一条主线。除此以外，也应看到其他地区还有一些次要中心，如甘肃兰州及其周围的临洮、临夏、陇西；长江三角洲的上海、苏南及皖东南；四川盆地西北隅的成都、彭州等地。这些地区的牡丹由于遗传背景的不同，以及气候、土壤条件的差异，逐步演变成为各具特色的品种群(李嘉珏，《中国牡丹与芍药》)。
由清末到民国时期，内优外患，战乱不断，民不聊生，牡丹栽培亦受到严重摧。中华人民共和国成立后，牡丹栽培事业得到恢复和发展，中间虽有过曲折和反复，但从1978年以来，随着改革开放的春风吹遍祖国大地，中国牡丹栽培事业又迎来了一个辉煌的发展时期。
